La Subdirección Nacional de Museos coordina 24 museos regionales y especializados entre las regiones de Antofagasta y de Magallanes y la Antártica chilena.
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Museos zona norte. Seis museos se distribuyen entre Antofagasta y Ovalle.
Museos zona centro. Nueve museos se encuentran en Chile continental y uno en Rapa Nui.
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Museos zona sur. El área cuenta con ocho museos, incluyendo el más austral del mundo.