La Subdirección Nacional de Museos tiene como misión promover el desarrollo armónico y sostenido de los museos de Chile. Entre sus funciones más relevantes se encuentran:
- Generar y estudiar nuevos programas, propuestas, proyectos y actividades para los museos.
- Analizar los procesos para optimizar la administración de los recursos humanos y financieros.
- Promover la definición de la misión de cada museo y fomentar la formalización de un plan estratégico sostenible en el tiempo.
- Favorecer la autonomía administrativa y financiera de los museos.